DESPOTA

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DESPOTA (DEndogram Slicing through a PermutatiOn Test Approach) è un approccio innovativo che sfrutta i test di permutazione per l’individuazione automatica di una partizione tra quelle presenti in un dendrogramma. A differenza degli approcci tradizionali, DESPOTA considera nello spazio di ricerca anche partizioni che non corrispondono a tagli orizzontali dell’albero di classificazione.

L’output di una classificazione gerarchica è infatti tipicamente rappresentato sfruttando un dendrogramma che descrive una famiglia di partizioni innestate. Le partizioni che sono solitamente analizzate sono quelle corrispondenti a tagli orizzontali dell’albero. Vengono pertanto tralasciate molte partizioni presenti nell’insieme delle partizioni ospitate dal dendrogramma. DESPOTA è un algoritmo che sfrutta i test di permutazione per la ricerca di partizioni che non corrispondono necessariamente a tagli orizzontali. La soluzione proposta si adatta a qualunque scelta della distanza metrica e del criterio di agglomerazione usato per ottenere l’albero.

Articoli

2018 DESPOTA: an algorithm to detect the partition in the extended hierarchy of a dendrogram.
In: (Eds.): Cira Perna Monica Pratesi Anne Ruiz-Gazen, Studies in Theoretical and Applied Statistics. p. 83-93, Cham:Springer
DOI LINK Inglese
2015 DESPOTA: a permutation test algoritm to detect a partition from a dendrogram
Journal of Classification, (32), Springer DOI: 10.1007/s00357- 015-9179-x
DOI LINK Inglese
2010 Cutting the dendrogram through permutation tests
Proceedings of Compstat'2010, Ed. by L. Y. S. G. EDS. NEW YORK: Physica-Verlag, HEIDELBERG, pp. 847– 854
DOI LINK Inglese

Abstract, articoli brevi e presentazioni

2015 DESPOTA: an algorithm to automatically detect a reliable partition on a dendrogram.
CARME 2015, Napoli, Italia, 20–13 settembre
abstract Inglese
2015 DESPOTA: a permutation test algorithm to detect a partition from a dendrogram.
IFCS 2015, Bologna, Italia, 6-8 luglio
slides Inglese
2013 DESPOTA: un approccio basato sui test di permutazione per la ricerca della partizione su un dendrogramma
AISC 2013, Associazione Italiana di Scienze Cognitive, X Convegno Annuale, Napoli, Italia, 19-22 novembre
  prezi  
movie 1
movie 2
short paper Italiano
2010 Cutting the dendrogram through permutation tests
Proceedings of Compstat'2010, Ed. by L. Y. S. G. EDS. NEW YORK: Physica-Verlag, HEIDELBERG, pp. 847– 854
slides short paper Inglese
2009 Stairstep-like dendrogram cut: a permutation test approach
useR!, The R User Conference 2009, Agrocampus-Ouest, Rennes, Francia, July 8-10
slides abstract Inglese
2009 Una procedura di taglio a gradini per l'estrazione della partizione ottimale da un dendrogramma
SISMEC 2009, Pavia, Italia, September 16-19
slides short paper Italiano

Codice Software

Non è disponibile al momento un codice ufficiale per DESPOTA. La versione attuale del codice in R non è molto veloce in caso di dati di grandi dimensioni, anche se funziona correttamente.

Su questa pagina GITHUB è disponibile un tutorial in RMardown che illustra il funzionamento delle principali funzioni e di alcune funzioni ausiliare utili per le rappresentazioni grafiche.

Mi fa piacere ricevere qualsiasi commento (sia positivo che negativo) nel caso in cui utilizziate DESPOTA sui vostri dati. Sono anche interessato a possibili collaborazioni sull’argomento, sia relativamente all’affinamento della procedura che all’ottimizzazione del codice.

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